סעיף 89(ב) לפקודה מחייב תושב חוץ במס על רווח הון שנצמח בישראל. מקום צמיחת רווח הון, נקבע בהתאם למיקומו של הנכס. כך, תושב חוץ המוכר נכס המצוי בישראל יהיה חייב במס רווח הון.
יחד עם זאת, ככל שמדובר בתושב מדינת אמנה, הוראות האמנה תפטורנה בד"כ את תושב החוץ ממס בישראל, זאת בהתאם לסעיף באמנה הדן ברווחי הון (הוראות האמנה הסטנדרטיות מעניקות בד"כ זכות מיסוי בלעדית במדינת מושבו של המוכר, דהינו: פטור במדינת המקור). ואולם, אם מדובר במכירת נכס מנכסיו של מוסד קבע שיש לתושב החוץ בישראל (להלן: "נכסי המוסד"), לרבות מכירת מוסד הקבע עצמו (לבדו או ביחד עם המיזם הזר כולו), הוראות האמנה יאפשרו בד"כ למדינת המקור למסות את ההכנסה בהתאם לדיניה הפנימיים, ולא יחול הפטור הרגיל במקרה זה.תושב חוץ, אשר יש בכוונתו למכור בעתיד הנראה לעין את מוסד הקבע או חלק מנכסי המוסד (למשל, מגזר פעילות מסוים במוסד הקבע), יכול לתכנן את מבנה הפעילות באופן כזה שנכסי המוסד יוחזקו על ידי חברה ישראלית או זרה, או מספר חברות כאמור, כך שבמקום מכירת הנכסים תימכרנה מניות אותן חברות.
במצב כזה, כל עוד אין מדובר בנכסי מקרקעין בישראל, מכירת המניות תהיה פטורה על פי רוב בהתאם להוראות האמנה ואף בהתאם לסעיף 97(ב3) לפקודה, הפוטר תושב חוץ במכירת מניה של חברה ישראלית או חברה זרה שעיקר רכושה בישראל. לעניין זה יצוין, שסוגית שלילת הפטור במכירת נכס מנכסי המוסד, אינה עולה במקרה של מכירת מניות החברה המחזיקה את אותם נכסים (אלא אם המניות עצמן מהוות חלק מנכסיו של מוסד קבע של בעליה).
יש לזכור שבצורת החזקה זו, לא ניתן למכור בפטור ממס חלק מנכסי החברה אלא את מניות החברה (המשקפות בעלות על כלל הנכסים), ולפיכך יש לשקול כאמור את החזקת הנכסים באמצעות מספר חברות (למשל, כל מגזר פעילות ונכסיו יוחזקו על ידי חברה נפרדת).
העברת נכסי המוסד לחברה ישראלית, במקרה שמבנה הפעילות לא הוקם כך מלכתחילה, יכולה להתבצע במסגרת סעיף 104 שבחלק ה2 לפקודה. כך לא יחול מס במועד ההעברה, אולם יש להמתין שנתיים לפחות עד למכירת נכסי החברה או מכירת מניותיה. במקרה כזה, על מכירת מניות החברה הישראלית לא יחול הפטור הקבוע בסעיף 97(ב3), משום שאחד מהתנאים הקבועים בסעיף הוא שלא חלו הוראות חלק ה2 לפקודה בעת רכישת המניות. יחד עם זאת, כאמור לעיל, ככל שמדובר בתושב מדינת אמנה, יעניקו הוראות סעיף רווח ההון באמנה את הפטור המיוחל.
היבט נוסף שיש לבחון הוא המס החל על ההכנסות השוטפות. בעוד שמוסד קבע משלם את המס על הכנסתו החייבת והעברתה(נטו לאחר מס) לחו"ל, אינה כפופה למיסוי כלשהו (בהיעדר מס סניף בישראל), הרי שחברה ישראלית המחלקת את רווחיה לבעליה הזרים, תידרש לנכות מס במקור בעת חלוקת הדיבידנד, בהתאם לשיעורים הקבועים בפקודה או שיעורים מופחתים בהתאם להוראות האמנה הרלוונטית.
לאור זאת ומבחינה זו, יש עדיפות להחזקת נכסי המוסד באמצעות חברה זרה. אולם, כאשר מדובר בהעברת נכסי המוסד במסגרת סעיף 104 לפקודה, יש לזכור שלגבי העברת נכסים לחברה זרה, נדרש אישור המנהל כתנאי לפטור בעת ההעברה. אישור כאמור יכול להינתן בתנאים מסוימים, למשל- תשלום המס הנדחה בעת מכירת מנית החברה הזרה.
תכנון נכון של מבנה הפעילות והאחזקות, תוך התאמתו לסוגי הרווחים הצפויים ולכוונותיו של המיזם או התושב הזר, עשוי בהחלט למנוע הטלת מסים גבוהים בעתיד.
נכתב ע"י רו"ח אייל סנדו