האוטונומיה של הרופא המטפל הינה אבן דרך בכל הקשור למערכת היחסים בין מטפל למטופל ,שכן ללא החופש לערוך בדיקות, לבצע הערכת מצב רפואי עדכני ולהחליט על הטיפול הנאות המגיע למטופל וזאת לאחר קבלת הסכמה מדעת, הרי שכל מערך היחסים הללו נמצא בסכנת קריסה ובעצם עלול להוביל לערעור האיזון העדין הקיים בין 2 השותפים הללו.
במסגרת הקוד האתי ומסמך :"אתיקה רפואית- כללים וניירות עמדה" שהוציא פרופ' אבינועם רכס, אשר שימש כיו"ר וועדת האתיקה בהסתדרות הרפואית בישראל בין השנים 2001-2005, מציין פרופ' רכס ב "פרק ד.8 הרופא והמוסד הרפואי", סעיף ג' בנושא: אחריות המנהלים נקודה 4 ,כי מנהל צריך לדאוג לכך ש: "הרופא המנהל יכבד את האוטונומיה האתית והמקצועית של כל רופא הפועל תחת מרותו."
חובות הרופא הוגדרו במשפט נתן אנדל נגד מדינת ישראל :
"במסגרת תפקידיו של רופא המטפל בחוליו, מוטלת עליו החובה לאבחן במסגרת נתוניו של כל מקרה, את האבחנה הרפואית הנכונה ביחס לחולה בו הוא נדרש לטפל. עליו להחליט על הטיפול הנדרש ועליו להשגיח כי טיפול זה יינתן."
באשר לרופא המטפל בחולה, הדין בישראל מטיל אחריות ישירה, להבדיל מן המוסד הרפואי המעסיק – בית החולים או קופת החולים – שעליו עלולה להיות מוטלת אחריות שילוחית, כמעביד או בעל חוזה.
גם בכל הקשור לתרופות ביולוגיות בכלל ותרופות ביולוגיות דומות ( ביוסמילארס) בפרט ריכזו 3 איגודים נייר עמדה משותף של האיגוד הישראלי לריאומטולוגיה, האיגוד הישראלי לגסטרואנטרולוגיה והאיגוד הישראלי לרפואת עור ומין בהר"י : עמדה עקרונית המדגישה את העובדה כי החלטה הטיפולית באשר לתרופה שתינתן בכל שלב תהיה בידי הרופא המקצועי המטפל; כמו כן החלפת הטיפול לתרופה ביולוגית אחרת תעשה רק על ידי הרופא המקצועי המטפל ועל פי שיקול דעתו הקליני.
נוהל 127 של משרד הבריאות , שראה אור באפריל 2014 ועודכן במאי 2016 ,המתייחס לתרופות ביולוגיות דומות (ביוסמילארס) מציין במפורש כי החלטה טיפולית בחולה חדש המאובחן במחלה כלשהי תהא לפי החלטת הרופא המטפל בהיוועצות יחד עם המוסד הרפואי.
פרופ' גבי ברבש בשבתו בתפקיד מנכ"ל משרד הבריאות כלל בהוראותיו גם אמירות חשובות מאוד שכוחן יפה גם היום. "אין ספק שמערכת הבריאות כפופה למסגרת התקציב, ואין ספק שחובתנו כרופאים מנהלים להפעיל שיקול דעת... עם זאת אסור שניסחף עם המחויבות הציבורית?מוסדית ונדחק הצידה את חובת הנאמנות שלנו כלפי החולה העומד מולנו". וזאת כאשר לא אחת עומד הרופא המטפל אל מול מחויבותו למטופל מחד ואל מול הסיטואציה בה נדרש להיות "נאמן" למערכת בה הוא עובד, קרי קופת החולים ו/או המרכז הרפואי ושיקוליה הכלכליים שאינם תמיד בהלימה לטובת המטופל ובריאותו.
גם בית המשפט העליון בשבתו כבית משפט עליון לערעורים בתיק ע"א 6936/09 דן בחובת הגילוי של אסכולות שונות ברפואה:
"סיכומו של עניין, קבע בית המשפט העליון כי– על הרופא ליידע את החולה בדבר קיומן של אסכולות שונות וטיפולים רפואיים אלטרנטיביים, אף אם הפרקטיקה הנוהגת באותו בית חולים אימצה רק אחת מהן, וזאת על מנת שהחולה יוכל לקבל את כל המידע הרלבנטי בטרם יקבל החלטה מושכלת בדבר הטיפול הרפואי לו הוא זקוק.
מידע רפואי הוא תנאי מהותי בדרך לקבלת החלטה עצמאית ומושכלת, המאגדת את המרכיבים הכלולים במסגרת חוק זכויות החולה שנחקק בשנת 1996 של גילוי מידע, הבנת התהליך על ידי המטופל וקבלת ההסכמה מדעת ;
המטרה הינה אחת ומרכזית – לאפשר למטופל לקבל. החלטה מושכלת אשר נסמכת על יסודות של הבנה, בחירה חופשית, תוך העמדת המטופל במרכז, ללא "שיקולים זרים"- כמו שיקולים כלכליים, הנחיות, העדפות כאלו ואחרות של מוסד רפואי כזה או אחר, העלולים להטות את הכף לרעתו של המטופל בכל צורה שהיא.
לאור דברים אלו יכולת תפקודו של הרופא המטפל, זה שאבחן ומכיר את החולה ותיקו הרפואי, וחופש הפעולה המקצועי שלו ללא משוא פנים וללא "שיקולי מערכת" הינה קריטית בכדי לשמור על בריאותו של החולה המטופל ולא פחות חשוב על האוטונומיה שלו להבין ולקבל החלטה מושכלת וברורה ביחס לאופי הטיפול סיכוייו והשלכותיו.
באדיבות פרופסור יהודה אדלר.