מקצועות התורה אשר כולה קדושה היא, מתחלקים בכל זאת למדרגות רבות, על דרך עשר קדושות, קודש וקודש קדשים, קליפה ותוך. כצפוי, רוב עולם התורה מתעסק ברבדיה החיצוניים. גם העוסקים בקבלה, רובם שייכים לשכבותיה האקסטרניות. פנימיות התורה היינו בינה עמוקה אל תוככי טעמי העניינים הנגלים. חדירה לתוך רוח ורעיון הנסתר והנעלם שבתורה. לפי זה ישנה פנימיות אף בפשט ובהלכה ולאו דווקא בסוד. מעטים הם המסוגלים להבין בעומק זה. הסוד שבדבר אינו בגלל הסתרתו אלא עקב קושי השגתו, כשם שתורה שבעל פה אינו רק עניין של שלילת כתיבה, כי אם מאפיין מהותי, אשר תורה זו אינה יכולה ולא ניתנה להיכתב, מצד עצם טיב אופיה אלא להימסר בעל פה, איש מפי איש.
'הלכה' בגימטריא 'כלי'. ההלכה היא הכלי החיצוני, המכיל את כל התורה כולה בפנימיותה. אין גישה לנסתרות התורה אלא דרך ההלכה: ברכות ח, א: מאי דכתיב אהב ה' שערי ציון מכל משכנות יעקב - אוהב ה' שערים המצויינים בהלכה יותר מבתי כנסיות ומבתי מדרשות וכו'. מיום שחרב בית המקדש אין לו להקדוש ברוך הוא בעולמו אלא ארבע אמות של הלכה בלבד. ע"כ. מאידך ההלכה נשארת בתפקיד כלי בלבד: ברכות לג, ב: אין לו להקדוש ברוך הוא בבית גנזיו אלא אוצר של יראת שמים, שנאמר: יראת ה' היא אוצרו! שבת לא, ב: אין לו להקדוש ברוך הוא בעולמו אלא יראת שמים בלבד, שנאמר ועתה ישראל מה ה' א-להיך שואל מעמך כי אם ליראה וגו' וכתיב ויאמר לאדם הן יראת ה' היא חכמה וגו', שכן בלשון יוני קורין לאחת הן. ע"כ. במקום אחר הארכנו יותר בזה.
פנימיות התורה זכתה בכמה וכמה פנים. מורה הנבוכים לרמב"ם, מין אחד של פנימיות הוא דהיינו פילוסופיית התורה. תורת חובות הלבבות, מין אחר הוא, של מוסר התורה. ספר הכוזרי היא אמונת ואומנות התורה. כתבי מהר"ל. ספרות החסידות. ספרות תנועת המוסר. כתבי הרב הירש. ועוד. כל אלו מגלים פנים חדשות בסתרי התורה. אין ספק ששיטות רבות נשארו עוד בסתר. באמת ראינו בדור האחרון, סימני התעוררות של חשיבה חדשה ומקורית בתורה, על ידי גדולי ישראל וחכמי התורה. כל זה מלבד תורת הסוד הרשמי, אשר גם בה יש חיצוניות ופנימיות:
ספר מורה הנבוכים חלק שלישי פרק נא: ואני פותח הדברים בזה הפרק במשל שאשאהו לך, ואומר, כי המלך הוא בהיכלו ואנשיו כולם, קצתם אנשי המדינה וקצתם חוץ למדינה, ואלו אשר במדינה, מהם מי שאחוריו אל בית המלך ומגמת פניו בדרך אחרת, ומהם מי שרוצה ללכת אל בית המלך ומגמתו אליו, ומבקש לבקר בהיכלו ולעמוד לפניו, אלא שעד היום לא ראה פני חומת הבית כלל.
מן הרוצים לבא אל הבית, מהם שהגיע אליו והוא מתהלך סביבו מבקש למצא השער, ומהם מי שנכנס בשער והוא הולך בפרוזדור, ומהם מי שהגיע עד שנכנס אל תוך הבית והוא עם המלך במקום אחד שהוא בית המלך, ולא בהגיעו אל תוך הבית יראה המלך או ידבר עמו, אבל אחר הגיעו אל תוך הבית א"א לו מבלתי שישתדל השתדלות אחרת, ואז יעמוד לפני המלך ויראהו מרחוק או מקרוב, או ישמע דבר המלך או ידבר עמו.
והנני מפרש לך זה המשל אשר חדשתי לך, ואומר, אמנם אשר הם חוץ למדינה, הם כל איש מבני אדם שאין לו אמונת דת, לא מדרך עיון ולא מדרך קבלה, כקצות התור"ך המשוטטים בצפון, והכושיים והמשוטטים בדרום, והדומים להם מאשר אתנו באקלימים האלה, ודין אלו כדין בעלי חיים שאינם מדברים ואינם אצלי במדרגת בני אדם, ומדרגתם בנמצאות למטה ממדרגת האדם ולמעלה ממדרגת הקוף, אחר שהגיע להם תמונת האדם ותארו והכרה יותר מהכרת הקוף, ואשר הם במדינה אלא שאחוריהם אל בית המלך, הם בעלי אמונה ועיון, אלא שעלו בידם דעות בלתי אמתיות, אם מטעות גדולה שנפל בידם בעת עיונם, או שקבלו ממי שהטעם, והם לעולם מפני הדעות ההם כל אשר ילכו יוסיפו רוחק מבית המלך, ואלו יותר רעים מן הראשונים הרבה, ואלו הם אשר יביא הצרך בקצת העתים להרגם ולמחות זכר דעותם שלא יתעו זולתם, והרוצים לבא אל בית המלך ולהכנס אצלו אלא שלא ראו בית המלך הכלל, הם המון אנשי התורה רצה לומר עמי הארץ העוסקים במצות, והמגיעים אל הבית ההולכים סביבו, הם התלמודיים אשר הם מאמינים דעות אמתיות מדרך קבלה, ולומדים מעשה העבודות, ולא הרגילו בעיון שרשרי התורה ולא חקרו כלל לאמת אמונה, ואשר הכניסו עצמם לעיין בעקרי הדת כבר נכנסו לפרוזדור, ובני האדם שם חלוקי המדרגות בלא ספק, אבל מי שהגיע לדעת מופת כל מה שנמצא עליו מופת, וידע מן העניינים הא-להיים אמתת כל מה שאפשר שתודע אמתתו, ויקרב לאמתת מה שא"א בו רק להתקרב אל אמתתו, כבר הגיע עם המלך בתוך הבית, ודע בני שאתה כל עוד שתתעסק בחכמות הלמודיות ובמלאכת ההגיון, אתה מכת המתהלכים סביב הבית לבקש השער, כמו שאמרו רז"ל על צד המשל, עדין בן זומא מבחוץ, וכשתבין העניינים הטבעיים, כבר נכנסת בפרוזדור הבית, וכשתשלים הטבעיות ותבין הא-להיות, כבר נכנסת עם המלך אל החצר הפנימית ואתה עמו בבית אחד, וזאת היא מדרגת החכמים, והם חלוקי השלמות.
אבל מי שישים כל מחשבתו אחר שלמותו בא-להיות, והוא נוטה כלו אל השם יתעלה, והוא מפנה מחשבתו מזולתו, וישים פעולות שכלו כולם בבחינת הנמצאות ללמוד מהם ראיה על הש"י, לדעת הנהגתו אותם על אי זה צד אפשר שתהיה, מהם אשר באו אל בית המלך, וזאת היא מדרגת הנביאים, יש מהם מי שהגיע מרוב השגתו ופנותו מחשבתו מכל דבר זולתי הש"י, עד שנאמר בו ויהי שם עם ה' וגו', ישאל ויענה [ידבר] וידובר עמו במעמד ההוא המקודש ומרוב שמחתו במה שהשיג לחם לא אכל ומים לא שתה, כי התחזק השכל עד שנתבטל כל כח עב שבגוף, ר"ל מיני חוש המשוש, ויש מן הנביאים מי שיראה לבד, ויש מהם מי שיראה מקרוב, ומהם מי שיראה מרחוק, כאמרו מרחוק ה' נראה לי כו'. ע"כ.
לפי זה עולה, כי הבחנת הא-לוהות שבתורה, היא פנימיותה. הרמב"ם כמשל, ביקש להכיר את בוראו, באמצעות מיטב הכלים המדעיים של תקופתו. מבחינתו, זו הייתה האמונה והידיעה היותר שלמים, באפשרות המציאות. אם כן, גם בימינו, יש מקום לחיפוש אחרי אימות וקיום האמונה היהודית, תוך שימוש בתפיסות המדעיות והעולמיות החדישות. באמת, לא בכלל העולם בלבד נתחדשו תובנות רבות אלא אף בדרכי התורה הקדושה, נוספו גישות חדשות, על דרך שנתבאר. גם המה מסייעות ומועילות מאוד, בהבנת האמונה המסורתית. המדע והאומנות האוניברסאליים, מצטרפים לתורה הקדושה, במאמץ איתור, גילוי וחשיפת האמונה שבפנימיות העולם.