עם הקמת מדינת ישראל הוקמה גם רכבת ישראל שהתבססה על ציוד נייד שנישאר מרשות הרכבות המנדטורית כמו גם קטעי מסילה שונים . מי שהשתמש ברכבת עד להתחלת הפעלת קווי נוסעים היה בעיקר צה"ל שזה עתה הוקם. רשת המסילות בתקופת המנדט נסללה קודם כל כדי לשרת את צרכי הצבא , והרבה פחות את הישוב האזרחי בארץ. צה"ל מצא כדאיות בשימוש ברכבות משום המספר הרב של מתקנים ומחנות צבאיים שהיו מחוברים לרשת הרכבות הארצית או שקווי רכבת עוברים ממש בקרבתם. בנוסף מחסור כרוני בכלי רכב בצבא ורצון לצמצם הוצאות בתנועת חיילים וציוד , הובילה את הצבא לראות ברכבת אמצעי חשוב וחיוני לתפקודו .
עקב כך היה משקל רב לעמדת וצרכי הצבא כשזה הגיע לתכנון קווי הרכבת בארץ " צה"ל דרש שבכל הנוגע להקמת קוים חדשים במדינת ישראל תהיה התחשבות לא רק במשק המדינה אלה גם בצרכיה הביטחוניים של המדינה . באותה עת על פי חוק , בשעת חרום עוברת הרכבת לפיקוד הצבא וכל מנגנוני הרכבת מגויסים לשימוש הצבא.
במהלך שנת 1949 צה"ל עושה סקירות של כל מסילות הברזל שהיו קיימות בארץ כולל אלו שנסללו ופעלו במלחמת העולם הראשונה אך אינן פעילות מאז. בתזכיר שנשלח למטכ"ל בספטמבר אותה שנה יש כבר המלצה לחדש את השלוחה לבסיס תל השומר (שאז עדיין נקרא בסיס תל ליטוינסקי) . זוהי שלוחה שנסללה ופעלה מספר חודשים במהלך שנת 1943 וכעת הייתה חסרה את 3 הק"מ האחרונים שפורקו בשנים שהשלוחה לא הייתה פעילה. בתזכיר מוצע שבבניה ניתן להשתמש בחיילי גדנ"ע ונח"ל ובציוד של חיל ההנדסה כל זאת בניהול והשגחה של הנהלת רכבת ישראל. מכיוון שלרכבת ישראל היה מחסור באדנים ופסים הוצע להשתמש בפסים ואדנים שיפורקו מבסיסים צבאיים בהם יש שלוחות שאינן בשימוש.
בתחילת 1950 מוקמת ועדה מיוחדת משותפת לצבא ולרכבת ישראל שנועדה לקדם סלילת שלוחות לבסיסים צבאיים כמו תל השומר וואדי סראר (נחל שורק)
ב 5 לפברואר 1950 הוצגו בפני הועדה הדרישות של צה"ל מבחינת מסילות בתוך מחנה תל ליטוינסקי - חיל ציוד וחימוש דרש קווים שיגיעו למספר מחסנים בשטח המחנה וחיל אספקה ותובלה דרש בניית רציף לפריקת רכב משוריין ותחנת רכבת להסעת חיילים במספרים גדולים. רב הדרישות התבססו על קווים קיימים שהיו בתוך הבסיס אך פורקו בתקופת המנדט.
לקראת סוף אותה שנה לאחר שאושר פירוק שלוחות צבאיות שיספקו חומר לבניית השלוחה , דווקא אז מביע ראש אגף אפסנאות בצה"ל הסתייגות מהתוכנית- לטענתו חידוש הקו אינו נותן מענה ראוי לצרכי הצבא. מפקדות חייל רבות עברו באותה תקופה לבסיס והסעת עובדים וחיילים מת"א באופן יומיומי מחייב הפעלת רכבות בוקר וערב אבל התנועה אינה ישירה לתל אביב ועוברת דרך ראש העין ,דבר שהינו מסוכן מבחינה ביטחונית עקב קרבתו לגבול. ראש האגף מציע לסלול שלוחה מקו ת"א -לוד שיגיע למחנה תל השומר , כשאת החומרים לבניית השלוחה ניתן לפרק מהשלוחה המקורית המיועדת לשיקום שהחלק הקיים בה הוא במקטע כפר ג'יניס -יהודיה. חומרים אלו אמורים להיות כעת זמינים לשימוש עקב שינוי התוכנית.
בחודש ינואר 1951 פונה ראש מטכ"ל/אג"א למשרד הבטחון ומבקש שינקטו בצעדים לתכנון חיבור בסיס תל השומר לקו הרכבת הראשי ת"א -לוד. משרד הבטחון פונה בבקשה לרכבת ישראל שיתכננו את הקו , כל זאת שאין עדיין תכנון תקציבי לעניין ואף לא נבדק אם זה אפשרי מבחינה טופוגרפית. לכן לא מפתיע שהדבר לא בוצע ע"י רכבת ישראל.
ההתמהמהות בביצוע התוכניות נותנת אותותיה בשטח. במהלך שנת 1952 התרבו מאוד תופעות של גניבת פסים ואדנים מקטע השלוחה הקיים בלי שהייתה דרך מעשית למנוע זאת. הצבא פונה בעניין לרכבת ישראל שממליצה לצבא לפרק את מה שנותר מהשלוחה ולאכסנו במחסני הצבא. בצה"ל התגבשה התובנה שכנראה לא יאושר בטווח הנראה לעין תקציב לשיקום השלוחה , כמו כן העדר אמצעים וידע בפירוק מסילות, גורם לצבא לפנות בסוף אותה שנה לרכבת ישראל כדי שיחלו בפירוק באופן מידי, על מנת שלפחות ייעצר עניין הגניבות.
כשהגיע עניין פרוק המסילה לשלב ביצועי עלתה הסוגייה למי שייכים חומרי המסילה המפורקים. העקרון שהחל להתגבש בשנים אלו הוא שקטעי מסילה בתוך הבסיסים הם בבעלות מלאה של הצבא ואילו הפסים שמגיעים עד פתח הבסיס הינם בבעלות ואחריות תפעולית של רכבת ישראל. בתוך בסיס תל השומר לא נשארו פסים כלל כמו גם בשלושת הקילומטרים של השלוחה עד פתח הבסיס.
עם זאת משרד הבטחון ראה בשלוחת תל השומר כולה כשלוחה צבאית לכל דבר ולכן לראייתו חומרי המסילה שייכים לו מה עוד שהצבא נושא בעלויות הפירוק.. רכבת ישראל לעומת זאת טענה שהשלוחה הינה מסילת ברזל ממשלתית כי היא נבנתה ע"י רשות הרכבות הממשלתית המנדטורית ( ה PR שאת כל נכסיה ירשה רכבת ישראל), ותוך שהיא מתבססת על פקודת מסילות הברזל משנת 1936, נטען שגם אם משרד הבטחון מחזיק בקרקעות עליהן סלולה השלוחה (דבר שבעצמו מוטל מאוד בספק) עדיין לרכבת ישראל יש זכויות קניין מלאות בפסים ושאר חומרי המסילה.
למען הדיוק ההיסטורי יש לציין שבעת סלילת השלוחה בשנת 1943 התכנון והסלילה אכן בוצע ע"י מהנדסים ופועלים של הרכבת המנדטורית, אולם הבעלות המימון ואפילו חומרי הבנייה היו של הצבא האמריקאי. בתחילת 1953 כמעט 10 שנים לאחר בניית השלוחה המקורית, מתחיל פירוק מסודר שלה כשהסיכום הוא שביצוע הפירוק יהיה ע"י רכבת ישראל, הפסים והאדנים יאוכסנו במחסנים של הרכבת אבל יועמדו לרשות צה"ל במידה ויהיה צורך בכך. המסילה אכן פורקה במלואה כולל הגשרים, והחומרים שפורקו פוזרו בין מחסני הרכבת בתחנות נען לוד וכפר ג'יניס.
פירוק מה שנותר מהשלוחה לא היה בהכרח סתימת הגולל על הפעלת שלוחה זו בעתיד, בסיס תל השומר ממשיך לגדול ולהתפתח ונציגי הצבא פונים לרכבת ישראל כדי לבדוק סלילה מחודשת של מסילה בתווי הישן או בחלופות אחרות.
בסוף מרץ 1957 מתקיים סיור שטח של נציגים מרכבת ישראל עם נציג מחלקת ההנדסה בצה"ל. בו נעשים אומדנים והערכות לגבי הנדרש לסלילת כל תווי משלושת האלטרנטיבות שעלו על הפרק.
התווי הראשון שהתבסס על השלוחה המפורקת נאלץ להתמודד עם העובדה שבמקטע של כקילומטר וחצי מתווי המסילה המקורי כבר נבנו שיכונים חדשים מה שמצריך הטית מסילה באורך של 3 ק"מ. מה שמוסיף לעלויות הוא חידוש כל העקלתונים מתקופת המנדט בתחנת כפר ג'יניס וחידוש הגשרים.
שתי האלטרנטיבות הנוספות התבססו על מסילה המתפצלת מהמסילה הראשית ת"א ירושלים בק"מ 9 ו 10 . תווי מסילה כזה אורכו 5 ק"מ בלבד לעומת 9 ק"מ בתווי הישן אולם הדבר מצריך בניית גשר מאסיבי מעל נחל איילון שעשוי לייקר מאוד את הפרויקט.
המהנדס הראשי של הרכבת מעביר את תוצאות הסיור למנהל הכללי בהמתנה להחלטה מה התווי שיבחר. המנהל הכללי מעביר זאת לאגף התנועה שם בוחנים את התוכניות ובאמצע מאי 1957 מודיע מנהל אגף התנועה כי אינו מוכן להביע דעתו בתוכנית שכזו מבלי שתהיה חלק מתוכניות תכנון מקיפות לכל הסביבה. לטענת מנהל התנועה , תכנון השלוחה המוצעת לתל השומר נעשה בשיטת ה"טיפין טיפין", ומבחינתו מדובר בתכנון בלתי מושלם אשר עלול לפגוע או להיות בלתי מעשי כאשר יועלו תוכניות פיתוח עתידיות. לכן הוא מציע שתכנון שלוחה לבסיס תל השומר תיכלל בתכנון מקיף יותר של כל הסביבה עם דגש על התחנה המוצעת במקווה ישראל ומשולש המסילות שהוצע בק"מ 5-6 בקטע שבין ת"א דרום ולוד.
תשובה זו היא זו שכנראה סותמת את הגולל על חידוש המסילה לתל השומר לעוד שני עשורים כמעט.
בפברואר 1975 מבקש קצין תחזוקה ראשית מרכבת ישראל הצעת מחיר להרחבת תשתית הרכבות לשבעה בסיסי צהל , כשהאחרון ברשימה זו היה בסיס תל השומר.
ביוני 1975 מפרסם המהנדס הראשי של הרכבת אומדן לעלות השלוחות לשבעה בסיסים אלו , כשהאומדן לשלוחת תל השומר מתבסס על תוכנית חדשה לשלוחה בת כ 6 ק"מ שמוצאה בתחנת תל אביב דרום , ומגיעה לבסיס תל השומר ממערב. הצעת המחיר שעמדה על 16 מיליון לירות , כוללת עלויות של הקמת גשר עילי אחד 3 מפלגים וארבעה מפגשי כביש מסילה.
תוכניות אלו לא רק שאינן יוצאות לפועל – קושי תקציבי מקשה על אחזקת שלוחות קיימות ,ומתחילה סגירה הדרגתית שלהם. רכבת ישראל עצמה דחפה לסגירת השלוחות כי תמיד ראתה באחזקת שלוחות אלו מטרד של ממש בעיקר לאור העובדה שבחלק מהשלוחות היה שימוש חלקי קרי שימוש של פעמים בודדות בשנה, כך שעלות אחזקת השלוחות עלתה על כמות התקבולים מהן.
בשנת 1986 כבר אין תקציב כלל לאחזקת השלוחות , רכבת ישראל מודיעה רשמית למשרד הבטחון שהיא נאלצת לסגור את כל השלוחות הצבאיות, עד לספטמבר אותה שנה
הפסקת השימוש בשלוחות הצבאיות הקיימות מעיד שגם אין עניין בבניית השלוחות המוצעות לבסיסים כולל תל השומר.
בתוכניות החומש של רכבת ישראל עד לשנת 2040 אין זכר לפיתוח רכבות לשימוש הצבא כמו גם לקשר מסילתי כלשהו באזור תל השומר.
חוקר גיאוגרפי היסטורי, מרצה, מדריך טיולים
