קביעת יחס נכסים לגבי נכסים 

שומת מפקחי מס הכנסה לגבי נכסים מחוץ לכתב אישור של מרכז ההשקעות ולפי שיטת חישוב יחס נכסים ניתנת לתקיפה חוקית ומשפטית.
קביעת יחס נכסים לפי סעיף 74 לחוק עידוד השקעות יעשה ע"י מינהלת מרכז ההשקעות, ורק לה, סמכות לקבוע את שיטת חישוב הטבות המס למפעלים מעורבים. לפי החוק, אם לא קבעה המינהלה את האופן שבו יחושב חלק המפעל המאושר, יופעל מבחן "יחס הנכסים" כברירת מחדל. אך ספק אם זו ברירת מחדל הפועלת לגבי נכסים חדשים או ביחס לשיטת חישוב בכתב אישור בו לא נקבע דבר.
יותר מכך, מרכז השקעות רשאי לשנות בדיעבד את שיטת חישוב ההטבות ולנטרל נכסים חדשים, או לקבוע שיטת ניהול חשבונות (ביקל) כבסיס להטבות.
סמכות זו חשובה לאור הלכת אחים בולוס (ע"א 3149/90). באותו מקרה הכשיר בית המשפט העליון את התערבות רשויות המס בסמכויות הנתונות למינהלת מרכז ההשקעות (בדיקת קיום התנאים בכתב האישור), אך זאת עשה רק "בהעדר עמדה מחייבת אחרת של הרשויות המוסמכות במרכז ההשקעות". כלומר, התערבות רשויות המס הותרה רק במקרים של ואקום בהם מינהלת מרכז ההשקעות לא הפעילה סמכויותיה בדיעבד.
הסמכות הנתונה למרכז השקעות נתונה אף לביקורת ע"י בית משפט ולפיכך בערעור על קביעת יחס נכסים על ידי פקיד שומה ניתן לבקש מבית משפט קביעת יחס הטבות אחר כלכלי וניתאם.