גם כאשר ממשלו של הנשיא גורג' בוש, מחפש כבר תקופה ארוכה, אולי אפילו די בנואשות אסטרטגית יציאה מקובלת מעיראק, כזו שתוריד מגבו את הלחץ הציבורי ותקטין את היתרון הדמוקרטי בקונגרס. קהילת המודיעין אמריקאית מתחבטת בינה לבין עצמה ונמצאת תחת לחץ עצום על מנת להעריך בצורה מיטבית את האיום האיראני המעורפל.
מאמציה הכבירים של ארצות הברית, לעצב מתווה מדיניות, לשכנע את הקהילה הבינלאומית והלכה למעשה ליישם אותה בשטח בנוגע לתוכנית הנשק הגרעינית האיראנית, מוגבלים בצורה משמעותית, בשל חוסר היכולת של המודיעין האמריקאי לקבוע בצורה מדויקת את היכולות והכוונות של היריב מטהרן.
חוסר במודיעין איכותי, העדר גישה ישירה למתקנים גרעינים ובעיקר לחוגים פנימיים בתוך תעשיית הנשק האיראנית החשודים בפוטנציאל לייצור נשק להשמדה המונית, אך במיוחד גישה חלקית ולקויה למקורות פנימיים איראנים בגין מידור כבד וביזור סמכויות נרחב, פוגעים קשות ביכולתה של קהילת המודיעין האמריקאית באשר לאיראן. בהתאם לכך רוב העמדות שאומצו על ידי זרועות המודיעין נובעים לא מתוך הנחות מקצועיות, ברורות וממוקדות, אלא במידת מה, מתוך השערות והנחות, כלומר גישוש באפלה מודיעינית כמעט מוחלטת. השערות בנויות בעיקר מאיסוף של מודיעין טכני והסתמכות בלתי נמנעת על הדוחות של הוועדה לאנרגיה אטומית שליד האו"ם.
המידע לרוב, באופן די מתסכל הוא חלקי בו בזמן שפקידים וגורמי הערכה בוושינגטון, מפקפקים באמינותם של הדוחות, שכן המידע שהתקבל מאיראנים לוועדה הוא לא מדויק, מגמתי ומהול במידע מוטעה מתוך כוונה תחילה להקשות על סוכנויות הביון מערביות.
החור השחור המודיעיני ביחס ליכולותיה וכוונותיה של איראן יוצרים מחלוקת קשה בקרב צמרת הממשל אמריקאי והפיקוד הצבאי והמודיעיני העליון של ארצות הברית, חוסר במידע אמין יוצר אי אחידות וחילוקי דעות באשר איך לתרגם את המידע הזמין ואיזה קצה חוט מהמידע מוביל לניתוח והערכה אמינים ומדויקים יותר.
בניסיון להוכיח ולהציג שכשלי המודיעין ביחס לפלישה האמריקאית בעיראק לא יחזרו עליהם באיראן, הנשיא בוש וממשלו עשו מאמצים כבירים לא לייחס למודיעין האמריקאי את הנחה לגבי ייעודה של הטכנולוגיה הגרעינית האיראנית ולא להאשים באופן חד משמעי וגורף בדבר רצונה של איראן לייצר גרעין צבאי. אלא העדיף למתוח בקורת על איראן על עברה הבעייתי, קרי המהפכה האסלאמית, בו בזמן שתוהה מדוע מדינה מפיקת נפט זקוקה לתוכנית גרעין למטרות אנרגיה בכלל.
החמרה מהותית במצב הביטחוני בעיראק, כולל התמוטטות הפנימית והעדר תמיכה העולמית משמעותית, צמצמו באופן ניכר את כושר התמרון האמריקאי במרחב. הדבר הופך להיות חמור עוד יותר כאשר המשך הקטל היומיומי של חיילים אמריקאים מגביל את הברירה הצבאית, דבר היוצר לחץ אדיר ואף מכביד עוד יותר על הלחץ שגם כך קיים על קהילת המודיעין והממסד הביטחוני אמריקאי.
המורכבות של המצב המודיעיני באיראן, מעמיד באור אחר, יש לומר אפילו חיובי את החלטה של הנשיא בוש לאמץ המלצות הוועדה הלאומית לחקר פיגועי הטרור בארה"ב. דבר שהיה שנוי במחלוקת במשך תקופה ארוכה, אשר פגע במעמדו ויוקרתו המסורתית של סוכנות הביון המרכזית, סי אי איי. ג'ון ניקוראגה, הוא המנהל הנוכחי של ה"מודיעין לאומי" המאסף תחתו את כל זרועות המודיעין של ארה"ב, והוא מייעץ הבכיר של הנשיא בוש לענייני מודיעין ומדיניות חשאית.
הערכה של המודיעין הלאומי אשר יצא לאור ביוני 2006, למראית עין אימת את הרציונאל והחוכמה מאחורי הקמתה. במסמך פומבי שפורסם על ידי תומס פינגר, ראש המועצה הלאומית למודיעין בבית הלבן ואנליסט הראשי במודיעין הלאומי האמריקאי, טען שש עשרה סוכנויות מודיעין אשר למעשה כוללות את קהילת המודיעין האמריקאי באופן כללי, מסכימות ויוצאות מתוך נקודת הנחה משותפת שהפוטנציאל הגרעיני האיראני נשאר ללא שינוי. איראן לא יכולה לייצר אורניום מעושר במידה כזו שתאפשר לה לבנות פצצה לכל המוקדם עד חצי עשור. לימינו של פינגר הצטרף גם הגנרל מייקל היידן, לשעבר סגן ראש המודיעין הלאומי והיום ראש הסי אי איי. עוד הוסיף היידן, כי להערכתו איראן מעוניינת בהשגת יכולות גרעיניות צבאיות.
גם בקונגרס האמריקאי נשמעים קולות של ספקנות באשר ליכולותיה של המודיעין אמריקאי להעריך נכונה את הכוונות והיכולות הנבנים של איראן. כאשר חלק מהפוליטיקאים משכנועים, שאיראן איננה מהווה איום מיידי גרעיני על הביטחון הלאומי. בתגובה לשימוע באוגוסט 2006 בוועדת המודיעין בסנאט, אמר פינגר ש"ביקורת וספקנות היא מקובלת ורצויה, בשל הכישלונות המודיעיניים בעיראק, ועל המודיעין אמריקאי לבנות מחדש את האמון..."
בדוח שפורסם לאחר מכן, מתח וועדת המודיעין של הסנאט ביקורת חריפה ונוקבת והאשים את סוכנויות המודיעין האמריקאיות "בחוסר יכולת לאסוף מידע חיוני כדי לקבוע מדיניות כלפי איראן.." בין אם זה איום אסטרטגי או דווקא טרור, הדוח מותח ביקורת על המודיעין שלא מנסה ביעילות או בעקשנות להשיג מודיעין איכותי וקולע אשר יביא למעצבי המדיניות בוושינגטון את התמונה האסטרטגית בדבר כוונותיה אמיתיות של איראן, וכך בין השאר לקבוע מדיניות תגובה אמריקאית או רב-לאומית אפשרית.
בסופו של דבר ממליץ הדו"ח על המשך שינויים קונסטרוקטיביים בקהילת המודיעין אמריקאית בטווח הזמן המיידי עד הקרוב. שינוי ותפיסתי בגישת איסוף המידעים ופלורליזם מודיעיני נרחב ככל שניתן ולפתח חשיבה יצירתית ואסרטיבית.
